デザインアルゴリズムについて
Bonacでは、RNAiメカニズムの理解に努めると同時に共同研究者と実験的検証を重ねてきました。siRNAデザインを行う上で重要な要素は大きく分けて２つあります。これらを総合的に判断すると同時に重み付けを行い、独自のアルゴリズムBT-Mania™を構築しました。
- 標的遺伝子発現抑制：各塩基のエネルギーバランス、GC含有量、Tm値など
- 遺伝子標的の特異性：バリアントを始めとする類似遺伝子配列やSNPsを検索し、交差性を網羅的に判断※
※交差性の確認にはBonac独自に構築したアライメント手法を使用致します。
検証例：配列依存とエネルギー依存の２つのクライテリアをあわせたBT解析
100種のターゲット遺伝子に対するsiRNA1000本について予測を行い、BT解析でハイスコア(90以上)のものを赤色で示すと全てのターゲットについて75％以上のKD効率を得られた。その一部の遺伝子とKD効果を示す。
Bonac社では、BT-Mania™や独自のアライメント手法を用いてsiRNAまたはshRNA配列のデザインを行います。
siRNA カスタムデザインサービス
デザインサービス内容| siRNA配列デザイン | BT-Mania™ならびに弊社独自のアライメント手法を用いてsiRNA配列デザインを行います。 |
|---|---|
| BTsiMAX™ | ターゲット配列（Human/Mouse/Rat）に対する3種のsiRNAをミックス！mRNAレベルで75％のノックダウンを確約いたします。 |
| BTデザインスペシャル | 実験目的に合わせた配列設計をご希望の方に、カスタム合成と合わせてご提供いたします。 |
| オフターゲット重視 デザイン解析 | 通常の配列デザインに加え、オフターゲットの回避に重点をおいた配列選択を行います。ご実験に合わせてご利用ください。 |
|---|---|
| 解析レポート | 解析結果を製品に添付いたします。詳細な情報が必要な場合にご利用ください。 |
| オフターゲット解析レポート | オフターゲット回避デザイン解析をご利用いただいた場合、配列解析結果と合わせてオフターゲット候補リストをご提供いたします。 |
- 生物種 ： 全生物種を対象（カスタムデザインの場合）。
※オフターゲット確認に使用するデータベースはHuman/Mouse/Rat/Zebraよりご指定ください。 - ターゲット遺伝子情報 ： ターゲット遺伝子のGenBankアクセッション番号、またはmRNA配列をご連絡ください。
※BTsiMAX™の場合はRefSeqアクセッション番号のみとなります。 - バリアント ： ［1：バリアントを含む］［2：指定アクセッション番号のみ］からお選びください。
- 最終候補数 ： 3候補（その他、ご希望はお問合わせください）
BTデザインスペシャル
- siRNA配列設計＋カスタム合成の製品です。
- ヒト・マウス・ラット以外の生物種にも対応
- 実験に合わせたカスタム設計も可能です
| 製品 | 数量 | 価格 | |
|---|---|---|---|
| 配列選択+ カスタム合成 | siRNAカスタムデザイン | 3set | ¥69,000 |
| オプション | オフターゲット重視デザイン解析 | - | ¥8,000 |
| オプション | 解析レポート | - | ¥8,000 |
| オプション | オフターゲット解析レポート | - | ¥8,000 |
※合成するsiRNAは、すべて10nmol、脱塩グレード、アニーリング済になります。
※本サービスの配列はあくまで統計的にもっとも良いと思われる配列を候補配列としてご提供させていただいております。
選定された配列のノックダウン保証は行っておりませんので予めご了承ください。
※リピートユーザー様はこちら
E-mailでのご注文も承っております。ご注文はこちらのメールアドレスまで
研究機関・お名前・ご注文内容（ターゲット遺伝子名およびアクセッションNo./生物種/バリアントの取扱い/解析範囲）をご記入ください。
